1. Dianggap Hina Presiden
Pernyataan Habib Bahar bin Smith dalam sebuah ceramahnya di Palembang sekitar 2016 lalu menuai kontroversi. Ini karena dalam pernyataannya, diduga memuat konten penghinaan.
Hingga akhirnya, pada 2018 lalu Habib Bahar dilaporkan oleh sejumlah pihak ke polisi. Pelapor di antaranya caleg Partai Solidaritas Indonesia (PSI), Muannas Alaidid. Muannas menyebut, pelaporan itu karena ceramah Bahar dinilainya merendahkan Presiden RI Joko Widodo (Jokowi).
Muannas menilai, ucapan Bahar tidak pantas dilayangkan pada seorang kepala negara. Adapun ceramah Bahar yang dipermasalahkan Muannas adalah: ‘Kalo kamu ketemu Jokowi, kamu buka celananya itu, jangan-jangan haid Jokowi itu, kayaknya banci itu'. Ucapan itu, menurut Muannas merupakan pelecehan pada Jokowi.
"Ini bukan kritik atau ceramah yang beradab, jika mau protes silakan, tapi yah jangan melecehkan seperti itu. Tidak pantas juga orang yang disebut habib dan ulama berkata kasar penuh kebencian seperti itu," kata Muannas Alaidid.
2. Aniaya Dua Remaja
Habib Bahar diduga melakukan penganiayaan remaja berusia 17 tahun yang diketahui berinisial MHU dan JA yang berusia 18 tahun. Penganiayaan tersebut dilakukan di Pesantren Tajul Alawiyyin di Pabuaran, Kecamatan Kemang, Kabupaten Bogor, Jawa Barat pada 1 Desember 2018.
Penganiayaan dilakukan karena kedua anak itu dianggap melecehkan Bahar dengan dandanan mereka yang menyerupai Bahar, yakni dengan mewarnai rambutnya, tetapi belum dipastikan juga apa tujuan mereka menyerupai Bahar.
Kasus penganiayaan ini dilaporkan ke Polres Bogor pada Rabu (5/12/2018) dengan laporan polisi nomor LP/B/1125/XI/I/2018/JBR/Res. Bgr.
Atas kejadian ini, Habib Bahar resmi ditetapkan sebagai tersangka dan ditahan di Polda Jawa Barat.
3. Aniaya Sopir Taksi Online
Pada 2018 lalu, Bahar bin Smith dikabarkan melakukan penganiayaan di kediamannya di Perumahan Bukit Cimanggu, Kecamatan Tanah Sereal, Kota Bogor. Kejadian bermula saat istri Bahar, Juhana Roqayah, menghubungi korban untuk mengantarkannya ke Pasar Asemka di Jakarta Barat.
Saat pulang, korban sempat mendengar percekcokan antara Bahar dan istrinya. Bahar pun keluar dari rumah dan menaiki mobil yang digunakan korban.
Di perjalanan, Bahar pun melakukan penganiayaan terhadap korban. Menurut pembelaan Bahar, dia melakukan itu semata-mata karena dia mendengar istrinya digoda oleh korban. Bahar pun dijerat Pasal 170 KUHP ayat (2) ke-1 tentang kekerasan dalam dakwaan pertama, dan Pasal 351 KUHP ayat 2 tentang penganiayaan Jo Pasal 55.