Andy F Noya pun menanyakan tentang cara PG menafsirkan ayat yang berbeda dengan kebanyakan ulama ahli tafsir.
"Jangan cari persamaan, kalau persamaan semua selesai dunia ini. Dunia berpikir itu terus berkembang. Berkembang, berkembang begitu juga kita memahami Alquran bukan menafsir, memahami. Itu anggapan yang tidak sama dengan anggapan kita, oke-oke saja wong saya juga tidak menyalahkan orang itu. Inilah kebebasan beragama. Siapapun tidak boleh memberikan stigma," katanya.
PG mengatakan, dirinya menanamkan kepada santri-santrinya untuk mencintai negaranya agar bisa memahami ajaran agama dengan baik.
"Kalau kurikulum berjalan, tapi kita memberikan semangat kepada para pelajar dengan bimbingan agar rohnya ini punya kemerdekaan, agar pikirnya punya kemerdekaan, agar ilmunya punya kemerdekaan, sehingga apa yang dikhayalkan untuk menuju dunia baru bahagia akan ketemu. Agama itu pribadi tidak boleh dicampur dengan yang lain-lain. Dan saya tidak pernah menistakan orang yang punya kelaziman itu," katanya.
